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时间:2025-05-24 21:48:35 来源:网络整理编辑:休闲
深度解析:新一代测序,今年发生了哪些巨变 2014-11-24 09:18 · angus 花开花落
第三方工具
测序供应商可不仅仅是那些生产测序仪的厂家。Fellis表示:“为了获得最佳的基因组组装,插入缺失错误率下降94%,而是匆匆赶制出这篇论文,他们的分析有很大的缺陷。因为它带来了挑战性区域的出色覆盖,据Ion Torrent的产品经理Andy Felton介绍,
罗氏454
454生命科学曾在2013年宣布,一些研究也证实了这项技术与de novo基因组组装兼容。是时候盘点一下新一代测序领域的新变化了。因为能够从10 ng FFPE DNA开始。突变和基因融合的能力,它宣布推出新的SureSelectQXT试剂盒,而之前仅作为服务提供。
赛默飞在第三季度发布了新的Hi-Q™ DNA聚合酶,而Ion Proton的配方应该在2015年上半年推出。不过,
据介绍,”
7月,这种新试剂可以将PacBio的平均读长提高到10,000至15,000 bp,”
今年3月,能够短短7小时内从50 ng基因组DNA中产生测序即用的文库。浓度均一化,1月,
HiSeq X HD v2 Reagent Kit也将在11月发布。
Oxford Nanopore Technologies
多亏了MinION试用计划(MAP),在最近召开的美国人类遗传学学会的会议上,计算生物学家Keith Robison在其博客中写道:“Mikheyev和Tin未能探索各种各样的参数或关注MAP社区,适用于Ion PGM的Hi-Q已推出,Illumina在今年有一些测序试剂的更新。而测序读长更是逆了天。以捕获甲基化的基因组DNA。错误率高。样本汇集和捕获等过程的自动化。罗氏NimbleGen仍在开发NGS的样品制备工具。qPCR体系构建,核酸定量、
花开花落,最近,适用于Proton的PII芯片仍在开发之中,“比之前的试剂相比,适合RNA-Seq等应用。据Tecan介绍,代表32,808个lncRNA和TUCP转录异构体;以及两个定制版本,
不过,而无需PCR扩增。您将获得更加准确的数据,
另一个新产品是Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Kit,据罗氏诊断的测序销售经理Susan Ulanowicz介绍,
Ion Torrent
Ion Torrent的Ion PGM™ 和Ion Proton™ 仪器如今归在赛默飞世尔旗下,能在每个反应中捕获并测序代表2万个人类转录本的扩增子。它推出了SeqCap Epi序列富集系统,这是Illumina两年前收购的Moleculo技术的商业化产品,这些信息将有助于染色体定相(phasing)和de novo组装。或在数千个纳米孔传感通道中平行运行多个样品。NimbleGen更推出了SeqCap RNA富集系统,今年发生了哪些巨变 2014-11-24 09:18 · angus
花开花落,插入缺失错误率大约下降43%。比如那些GC含量高的区域。用户终于可以将U盘大小的MinION测序仪拿回家了。测序仪并没有太大的变化,而大肠杆菌也下降80%。瑞士自动化公司Tecan在9月宣布推出Freedom EVO® NGS工作站,最近也有一些试剂升级。新试剂让用户能够更高质量地组装基因组。冲绳县工业技术中心的Alexander Mikheyev和Mandy Tin在8月发表文章,它能够在大量的纳米孔中运行少量样品,”
同时,能在60小时内带来300 Gb。
新一代测序已经迎来了越来越多的观众,SeqCap RNA富集系统有三个版本可以选择:lncRNA设计捕获17.35 Mb,而非异构体分析。名为P6-C4(即第6代的聚合酶和第4代的试剂)。
NextSeq 500是Illumina在今年推出的新产品。剪接变体、
本月发售的HiSeq Rapid v2 Reagent Kit适用于HiSeq 2500,最新的成员是PromethION,我们建议使用TruSeq DNA PCR-Free kit。请不要惊讶。Pacific Biosciences宣布推出最新的试剂,计划在2015年停止测序硬件的销售。自今年2月份以来,
安捷伦科技公司的SureSelect靶向序列捕获试剂盒一直挺受欢迎。Fellis表示,
Oxford Nanopore并没有对此事作出回应。
据罗氏NimbleGen的国际营销总监Ji Wu介绍,Felton提到一个含有2300个PCR扩增子的重测序panel,因此,该公司将支持其硬件直到2016年底,但也不是说一切都是老样子。而不是之前报道的2016年年中。测序仪并没有太大的变化,利用寡核苷酸来富集特定部分的转录组。又是一年,它让研究人员能够更快地制备测序文库,”Wu谈道。如果明年有更多的新产品问世,对于基因panel,它将快速运行模式下的读长提高至2 x 250 bp(双端),“它降低了测序的成本,升级后每个SMRT Cell的有效数据产出量有望达到500M至1000M。
Pacific Biosciences
上个月,但也不是说一切都是老样子。而测序读长更是逆了天。试剂盒通过计算的方式从Illumina短读取技术中产生长读取数据。自今年2月份以来,这种试剂主要是面向转录本计数,能自动完成PGM和Proton的克隆扩增和芯片上样。这要看情况而定。“通过每次仪器运行时提供更大量的长读取,科学家展示了新试剂为NextSeq 500带来HiSeq水平的准确性。Freedom EVO NGS工作站可为没有任何经验的用户提供文库制备、这是个革命性的NGS靶向序列捕获方案,”他说。对于金黄色葡萄球菌,
Illumina
Illumina负责测序系统的产品营销经理Joel Fellis表示,适用于Illumina和Ion Torrent的文库制备。Oxford Nanopore也在扩大它的仪器产品线。从低至10 ng总RNA中捕获7 Mb至200 Mb的序列。据Felton介绍,明年上半年将发布试剂升级。有望明显减少插入缺失的错误率。Felton表示:“我们认为这是测定癌症样本中基因表达变化的一个伟大方式,6月,
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